Taman Nasional Taka Bonerate (TNTBR) terletak di tengah segitiga terumbu karang dunia yang memiliki keragaman spesies karang tertinggi di dunia. Kondisi ini yang membuat pentingnya peran TNTBR dalam menjaga kelestarian spesies terumbu karang dunia yang mungkin hanya terdapat dikawasan ini. Oleh sebab itu kawasan TNTBR haruslah terdapat kawasan yang betul-betul dilindungi dan biota di dalamnya dapat berkembang secara alami.
Kawasan Konservasi yang disebut sebagai zona inti dan zona perlindungan bahari merupakan kawasan dengan akses terbatas. Fungsi kawasan ini adalah untuk memberikan perlindungan bagi flora maupun fauna yang menjadi ciri khas wilayah TNTBR untuk dapat berkembang dihabitat alaminya. Pada kawasan ini tidak dibenarkan adanya kegiatan yang bersifat ekstraktif, misalnya penangkapan ikan. Kegiatan yang diperbolehkan hanya kegiatan yang tidak ekstraktif, misalnya fotografi dan penyelaman.
Didalam kawasan segitiga terumbu karang dunia tidak saja terumbu karang yang memiliki tingkat keragaman yang tinggi, melainkan biota lain yang berasosiasi dengan terumbu karang juga memiliki tingkat keragaman yang tinggi. Di dalam zona inti TNTBR terdapat tempat peneluran penyu (Pulau Latondu Kecil, P. Tinabo Kecil, P. Tinanja dan P. Ampallasa). Diluar zona tersebut juga terdapat tempat peneluran penyu yaitu di P. Tarupa Kecil, P. Lantigiang, P. Pasitallu Barat, P. Tambuna Besar (Khirlan 2000). Menurut Pierre-Nathoniel (2006) dari 7 jenis penyu yang ada di dunia, 6 jenis ada di Indonesia terdapat, yaitu: penyu sisik (Eretmochelys imbricata), penyu hijau (Chelonia mydas), penyu belimbing (Dermochelys coriacea), penyu tempayan (Caretta caretta), penyu lekang/penyu abuabu (Lepydochelis olivacea), penyu pipih (Natator depressa). Sedangkan penyu yang ditemukan di TN-TBR (COREMAP-PSTK UNHAS 2000; Kihrlan 2000) sebanyak 4 spesies penyu, yaitu penyu sisik dan penyu hijau, penyu tempayan dan penyu lekang/abu-abu.
Selain penyu, jenis biota yang kini terancam punah adalah kima raksasa (Tridacna gigas). Satu hal yang menjadi kendala dalam pelestarian kima raksasa adalah larvanya yang harus menemukan substrat yang kasar (batu karang) baru dapat bertahan hidup. Kalau dalam jangka waktu tertentu larvanya belum menemukan substat untuk melekat, maka akan segera mati. Jadi kehidupannya sangat tergantung kepada keberadaan terumbu karang atau substrat padat. Zona inti TNTBR menjadi daerah perlindungan bagi hewan tersebut karena di tempat tersebut banyak terdapat terumbu karang. Biota lain yang juga terancam punah dan harus dilindungi adalah Tridacna squamosa, Tridacna derasa, Hyppopus hyppopus, Lola (Trochus niloticus), kepala kambing (Strombus gigas).
