Taman Nasional Taka Bonerate merupakan kawasan kepulauan karang yang berbentuk atol atau cincin. Semula kawasan ini dikenal dengan nama Kepulauan Macan. Dikawasan ini terdapat banyak Taka (bahasa: selayar) atau pasi(bahasa: bajo) diantaranya Taka Gantarang, Taka Lamungan, Taka Selat Latondu, Taka Rajuni, Taka Rajuni Timur, Taka Tumbor, Taka Tumbor Kecil, Taka Lasalimu, Taka Silebu, Taka Sirobe, Taka Takere, Taka Tobajo, Taka Subu, Taka Mattongkoang, Taka Teros, Taka Sepe, Taka Bubbe, Taka Lantigiang, Taka Kayubulan Barat, Taka Kayubulan Timur, Taka Gama, Taka Salo, Taka Miriam Barat, Taka Miriam Timur, Taka Balalong, Taka Taburi, Taka Totoke, Taka Bongko, Taka Kumai, dan Taka Balanda serta beberapa bungin diantaranya Bungin Tinanja, Bungin Lalo, Bungin Siberaga, Bungin Belle dan Bungin Kamase. Masyarakat tidak mengenal kawasan tersebut dengan nama Taka Bonerate. Tetapi menurut masyarakat setempat bahwa dahulu wilayah tersebut masuk ke dalam distrik Bonerate.
Sebelum menjadi Taman Nasional tahun 1992, kawasan Taka Bonerate berada dalam dua wilayah administratif kecamatan, yaitu bagian utara adalah Kepulauan Macan yang masuk ke dalam wilayah Kecamatan Pasimasunggu dan bagian selatan adalah Kepulauan Pasitallu yang masuk ke dalam wilayah Kecamatan Pasimarannu. Nama Taka Bonerate diberikan kepada kawasan karena terdiri dari banyak taka dengan nama masing-masing tersebut untuk dijadikan satu kawasan Taman Nasional dengan satu nama dan nama tersebut diambil dari nama ibukota kecamatan Pasimarannu yaitu Bonerate. Setelah Taka Bonerate resmi menjadi taman nasional, kawasan tersebut disatukan kedalam satu kecamatan yaitu Kecamatan Pasitallu ditambah dengan Pulau Kayuadi dan selanjutnya Nama Kecamatan Pasitallu diubah menjadi Kecamatan Taka Bonerate dengan Pulau Kayuadi sebagai ibukota kecamatan.
Status Kawasan Taka Bonerate berawal dari ditunjuknya sebagai cagar alam laut pada tahun 1989 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehutanan Nomor: 100/Kpts-II/1989. Wilayah tersebut ditunjuk sebagai Cagar Alam Laut karena hamparan karang berbentuk cincin (atol) dan merupakan habitat berbagai jenis biota laut seperti kima raksasa Tridacna Gigas dan triton terompet Charonia tritonis, daerah itu juga merupakan tempat peneluran penyu hijau Chelonia mydas dan penyu sisik Eretmochelys imbricata, sehingga perlu dipertahankan dan dibina kelestariannya untuk dapat dimanfaatkan bagi kepentingan ilmu pengetahuan, pendidikan, kebudayaan, rekreasi dan pariwisata.
Cagar alam laut berubah lagi sebagai Taman Nasional dikarenakan kekhasannya maka berubah fungsi dan ditunjuk sebagai Taman Nasional Taka Bonerate berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehutanan Nomor: 280/Kpts-II/1992, tanggal 26 Pebruari 1992. Setelah itu diperkuat dengan ditetapkan sebagai Taman Nasional Taka Bonerate dengan SK Menteri Kehutanan Nomor 92/KPTS-II/2001 tanggal 15 Maret 2001 dengan luas kawasan 530.765 Ha.
