Taman Nasional Taka bonerate memiliki karang atol terbesar ketiga di dunia yaitu setelah Kwajifein di Kepulauan Marshall, dan Suvadiva di Kepulauan Moldiva. Luas atol tersebut sekitar 220.000 ha. Kawasan TNTBR ini memiliki ciri dimana atol yang terdiri dari gugusan pulau-pulau gosong karang dengan rataan terumbu karang yang luas dan tenggelam.
Secara umum terdapat tiga bentuk tipe terumbu karang yang berada di TN Taka Bonerate, yaitu terumbu karang penghalang (barrier reef), terumbu karang tepi (fringing reef) dan atol. Beberapa lokasi yang ditemui memiliki tipe kontur drop off membentuk dinding (wall) seperti di Pulau Latondu, Taka Lasalimu, Taka Sirobe, Taka Balanda, Jinato Wall, Taka Taburi, dan Taka Kumai. Umumnya lokasi-lokasi tersebut memiliki tingkat kecerahan perairan yang baik sehingga banyak dijadikan sebagai lokasi kegiatan wisata selam maupun wisata pantai.
Salah satu nilai penting ekologi kawasan TN Taka Bonerate adalah area penyebaran larva yang menjadi sumber pakan barbagai jenis ikan dan biota laut yang dijumpai disepanjang gugusan karang atol berdasarkan peta sebaran larva di Kabupaten Kepulauan Selayar dan pulau-pulau sekitarnya (WWF, 2018).
Survey ekologis yang dilakukan oleh WCS tahun 2015 menempatkan kondisi penutupan karang Pulau Latondu Kecil ke dalam kategori rusak sedang sebagaimana kriteria kerusakan terumbu karang dalam Permen LH No. 4 Tahun 2001 (rusak berat: 0 sd 24,9%, rusak sedang 25 sd 49,9%, baik 50 sd 74,9% dan baik sekali 75 sd 100%), kelimpahan ikan 15.178/ha, keragaman ikan 125 spesies.
Wilayah ini juga sebagai daerah perlindungan ekosistem terumbu karang serta beberapa jenis biota laut dilindungi seperti penyu dan kima. Perairan ini memiliki potensi karang yang tumbuh subur dengan penutupan karang mencapai 55,16% bagian utara dan 29,66% di bagian timur. Keberadaan karang ini menjadikan perairan Pulau Latondu kaya dengan berbagai jenis ikan karang (WCS, 2015).
Terjadi penurunan nilai ekologis dengan kategori penutupan karang rusak berat, Kelimpahan ikan karang 18.721 individu/ha dan keragaman ikan karang 111 spesies. Kompilasi nilai ekologisnya dikategorikan buruk (WCS, 2015). Perairan Pulau Tinanja dengan tutupan karang kategori sangat baik ditemukan di sebelah timur. Fauna kharismatik berupa hiu (Carcharinus melanopterus), triton terompet (Charonia tritonis) dan kima raksasa (Tridacna gigas) adalah salah satu potensi wisata di wilayah perairan ini.
Kondisi ekosistem terumbu karang yang ada di perairan ini tergolong masih asli. Persentase penutupan karang dalam kategori rusak berat. Walaupun dikategorikan rusak berat, tetapi keragaman ikan karangnya sangat tinggi, yakni sebesar 140 spesies dengan kelimpahan ikan karang sebesar 15.191 individu/ha. Kelompok ikan mayor yang terlihat mendominasi di setiap sisi terumbu karang berasal dari famili Pomacenthridae, Labridae, Ostracidae, Diodon dan Apogonidae.
Keadaan tutupan karang pada peraian ini mencapai 40% (WCS,2015) terdiri dari karang hidup sekitar 64,62 ha dan ekosistem padang lamun yang ekstensif dengan luas 67,86 ha (Identifikasi spot dive, 2012). Pada perairan ini ditemukan 143 spesies ikan karang (WCS, 2015) dan fauna kharsimatik seperti hiu sirip hitam (Carcharinus melanoptherus) dan kima raksasa (Tridacna gigas). Perairan ini juga merupakan lokasi spawning aggregation (SPAGs) atau pemijahan massal bagi ikan-ikan dari famili Serranidae.
Luas ekosistem terumbu karang di perairan Pulau Ampalassa seluas 190,83 ha (Peta zonasi TN TBR, 2012) merupakan luasan yang kecil dibandingkan dengan terumbu taka/bungin di sekitarnya. Namun demikian terumbu karang ini memiliki keanekaragaman hayati tinggi di dalamnya, kelimpahan ikan karang sebesar 20.701 individu/ha, keragaman ikan karang 130 spesies, penutupan karang kategori sedang dengan kompilasi nilai ekologis kategori sedang (WCS, 2015).
Tutupan karang pada Taka Kumai mencapai 62% dari 11 famili dengan keragaman ikan karang sebanyak 117 spesies serta kepadatan kima mencapai 5,33 individu/ha. Sementara itu, tutupan karang di Taka Balalong mencapai 15,67% dari 17 famili dengan keragaman ikan karang sebanyak 111 spesies. Selain itu lokasi ini merupakan habitat biota laut dilindungi yakni kima dengan kepadatan mencapai 72, 66 individu/ha (WCS, 2015). Taka Balong Timur memiliki kelimpahan ikan karang sebesar 29.156 individu/ha, keragaman ikan karang sebesar 131 spesies, persentase tutupan karang kategori baik sehingga kompilasi nilai ekologisnya juga dimasukkan dalam kategori baik.
Kondisi daratan Pulau Lantigiang terdiri dari asosiasi vegetasi darat. Sementara itu perairan Pulau Lantigiang terdiri atas hamparan karang yang tutupannya mencapai 31% di bagian utara dan 19,33% bagian barat daya (WCS, 2015). Pada tahun 2017 persentasi tutupan karang hidup pada kedalaman 3-5 meter di perairan Pulau Lantigiang mencapai 26,25% s/d 61,88% sedangkan pada kedalaman 7-10 m presentasi tutupan karang hidup mencapai 30,63% s/d 48,75 %. Lokasi ini juga merupakan habitat bagi spesies kima yang termasuk biota laut yang dilindungi dengan kelimpahan 328 individu/ha (TNTBR, 2017). Perairan ini merupakan perlindungan daerah spawning ground bagi ikan famili Serranidae. Data terakhir menunjukkan bahwa lokasi ini masih layak sebagai spawning ground ikan famili Serranidae (TNTBR, 2017).
Taka Sirobe berada di sisi selatan Taka Lasalimu, memanjang utara ke selatan dengan persentase tutupan karang hidup di sisi timur berada dalam kategori baik. Taka ini merupakan salah satu lokasi aktifitas penyu sisik (Eretmochelis imbricata) dan penyu hijau (Chelonia mydas) untuk mencari pakan pada habitat lamun. Terumbu sisi timur berbatasan dengan laut dalam sehingga menjadi perlintasan biota laut berukuran besar seperti lumba-lumba, paus dan ikan ekonomis lainnya.
Ekosistem terumbu karang di TN Taka Bonerate secara umum sangat beragam dan kaya dengan variasi jenis dan karakteristik biota laut. Potensi kekayaan sumber daya hayati laut Taka Bonerate dan Sulawesi pada umumnya sangat besar. Sebagai bagian dari Segitga Terumbu Karang Dunia (Coral Triangle), kawasan ini dikelilingi oleh banyak situs terumbu karang terbaik di Indonesia, bahkan di dunia.
Terdapat 7 buah pulau yang berpenghuni yakni: Pulau Tarupa, Pulau Rajuni Kecil, Pulau Rajuni Besar, Pulau Latondu Besar, Pulau Jinato, Pulau Pasitallu Tengah, dan Pulau Pasitallu Timur.
Taka Bonerate dan sekitarnya adalah salah satu wilayah KSPN Sulsel selain Tana Toraja. Total penetapan KSPN seluruh Indonesia sebanyak 88 buah. Kawasan Strategis Pariwisata Nasional (KSPN) adalah kawasan yang memiliki fungsi utama pariwisata atau memiliki potensi untuk pengembangan pariwisata nasional yang mempunyai pengaruh penting dalam satu atau lebih aspek, seperti pertumbuhan ekonomi, sosial dan budaya, pemberdayaan sumber daya alam, daya dukung lingkungan hidup, serta pertahanan dan keamanan (PP RI No.50 Tahun 2011).
Pada tahun 2015 kawasan Taman Nasional Taka Bonerate ditetapkan oleh UNESCO (United Nations, Educational, Scientific, and Cultural Organization) sebagai salah satu cagar biosfer dunia. Cagar biosfer sendiri merupakan situs di darat, laut atau pantai yang dikelola secara inovatif dengan tujuan menyinergikan penduduk lokal dengan lingkungannya. Penetapan cagar biosfer tersebut merupakan salah satu capaian penting sebagai modal utama dalam mengharmonisasikan pelestarian keanekaragaman hayat dengan pemanfaatan sumber daya secara berkelanjutan.
Pada Rencana Tata Ruang Wilayah Kabupaten Kepulauan Selayar Tahun 2012 – 2032, Taman Nasional Taka Bonerate merupakan kawasan peruntukan pariwisata alam yang berada di Kecamatan Taka Bonerate Kabupaten Kepulauan Selayar. Dalam Rencana Tata Ruang Wilayah Provinsi Sulawesi Selatan Tahun 2009 – 2029 juga disebutkan bahwa Taman Nasional Taka Bonerate merupakan kawasan yang potensial dikembangkan sebagai tujuan maupun obyek wisata.
Salah satu lokasi yang merupakan tempat wisata pantai adalah Pulau Tinabo. Pulau ini dikelilingi oleh hamparan pasir putih. Berbagai bentuk atraksi wisata seperti snorkeling dan diving dapat dilakukan di wilayah ini. Hal unik lainnya yang ditemukan adalah keberadaan sekumpulan bayi ikan hiu jenis blacktip reef shark (Carcharhinus melanopterus) yang berenang bebas di pesisir pantai Pulau Tinabo.
Wisatawan pengunjung umumnya bermalam di pulau Tinabo Besar. Spot diving yang dekat dengan Pulau Tinabo diantaranya Spot Kolam Gantarang, Spot Tabulate Gantarang, Spot Sumur Ikan dan Spot Mulut Harimau. Spot dive sebelah Selatan Pulau Tinanja antara lain hamparan hard coral di Taka Lasalimu dan sebuah karang batu berumur 300 tahun di Taka Sirobe. Di sebelah utaranya dapat ditemukan antara lain Spot Hantu Ceria, Spot Uka di perairan sekitar Pulau Tarupa Kecil dan Spot Coral Garden di perairan sekitar Pulau Tarupa Besar.
Pada bagian sebelah barat Pulau Tinabo terdapat Bungin Tinabo, yaitu pulau kosong tidak bervegetasi yang permukaannya hanya di tutupi pasir putih hasil endapan ombak laut. Bunging Tinabo merupakan lokasi favorit pengunjung untuk menunggu matahari tenggelam di ufuk barat. Pada bagian selatan perairan ini terdapat Taka Rajuni dengan 2 spot dive/snorkelnya.
Perairan dan Pulau Lantigiang merupakan daerah yang sering diakses oleh masyarakat karena lokasinya dekat dari pulau berpenghuni yakni Pulau Rajuni dan Pulau Jinato. Daerah ini merupakan lokasi untuk menangkap ikan maupun meti oleh nelayan (WCS, 2015). Kondisi pulau yang tidak berpenghuni kadang dimanfaatkan masyarakat untuk singgah setelah melakukan aktivitas di laut yang kadang dimanfaatkan untuk mencari telur penyu jika petugas tidak di tempat, sehingga merusak habitat dan kelestarian keanekaragaman hayati di pulau ini.
Taka Belanda merupakan daerah fishing ground bagi nelayan yang tidak melakukan penyelaman khususnya nelayan asal Desa Rajuni, Desa Latondu, Desa Jinato, Desa Khusus Pasitallu dan Desa Tambuna.
Kawasan ini ditetapkan sebagai kawasan pelestarian alam perairan dengan ciri khas karang atoll (luasan mencapai 220.000 ha) serta memiliki keanekaragaman biota laut yang tinggi dan habitat bagi berbagai spesies satwa laut yang langka dan dilindungi. Kepulauan Taka Bonerate merupakan habitat berbagai jenis biota laut seperti kima raksasa (Tridacna gigas) dan juga merupakan tempat peneluran penyu hijau (Chelonia mydas) dan penyu sisik (Eretmochelis imbricata), sehingga perlu dipertahankan dan dibina kelestariannya. Kawasan pesisir TN Taka Bonerate juga merupakan salah satu tempat perlindungan dan tempat tinggal berbagai macam jenis biota. Tercatat kawasan ini merupakan habitat bagi ratusan spesies karang, lamun, ikan karang, makro alga, kerang-kerangan, moluska, burung dan biota laut lainnya.
Tabel 1. Potensi Flora dan Fauna di TNTBR
| No | Kategori | Jumlah (spesies) | Keterangan/Jenis Dominan |
| 1. | Karang | 242 | Terdiri dari 63 genera karang Scleractinia dan 5 genera karang non Scleractinia. Spesies karang yang dominan adalah famili Acroporidae, FavIIdae, dan FungIIda. |
| 2. | Karang | 242 | Terdiri dari 63 genera karang Scleractinia dan 5 genera karang non Scleractinia. Spesies karang yang dominan adalah famili Acroporidae, FavIIdae, dan FungIIda. |
| 2. | Ikan | 564 | Famili yang mendominasi Pomacentridae, Chaetodontidae, Labridae, Scaridae, Chaetodontidae, Acanthuridae, Serranidae |
| 3. | Molusca | 299 | 4 klas, 62 famili. Klas Gastropoda, Pelecypoda, Cephalopoda dan Scapopoda. Dominan Gastropoda (keong-keong) dan Pelecypoda (kerang-kerangan) |
| 4. | Reptilia | 6 | 6 Jenis Penyu Hijau (Chelonia mydas), penyu sisik (Eretmochelys imbricata), penyu lekang (Lepidochelys olivaceae) dan penyu tempayan (Caretta caretta), penyu belimbing (Dermochelys coriacea), penyu pipih (Chelonia depressus) |
| 5. | Crustacea | 15 | Kepiting dan udang |
| 6. | Mamalia | 5 | Duyung, lumba-lumba dan paus |
| 7. | Echinodermata | 64 | 22 jenis bintang laut, 13 jenis bulu babi, 16 jenis teripang, 13 jenis crinoidea |
| 8. | Alga | 112 | Chlorophyta/alga hijau 55 spesies, Rhodophyta/ alga merah 33 spesies, Phaeophyta/ alga coklat 24 spesies |
| 9. | Lamun | 11 | Yang umum ditemukan jenis Thalassodendron ciliate, Halophila ovalis dan Cymdocea rotunda, C. serrulata, Thallasia hemprichII |
| 10. | Burung | 34 | 12 spesies burung darat, 9 burung laut dan 13 burung pantai |
| 11. | Flora Darat | 70 | Didominasi Cocos nucifera |
Sumber: Data Statistik TNTBR, 2017
Terumbu Karang
Terumbu karang yang ditemukan terdiri dari 68 genera karang yang terdiri atas 63 genera dari Ordo Scleractinia dan 5 genera dari Ordo non Scleractinia yang terdiri dari 233 jenis spesies penyusun terumbu karang. Famili karang yang dominan adalah Acroporidae, Fungidae, Faviidae dan Dendrophylladae (RPTN 2013).
Padang Lamun
Jenis lamun yang ditemukan terdiri dari 11 spesies dari 7 genera. Jenis lamun yang dominan adalah Thalassodendron ciliata, Halophila ovalis, Cymodocea rotunda, Cymodocea serrulata, Thallasia hemprichii dan Enhalus acoroides. Jenis lain yang juga dijumpai namun dalam skala yang kecil adalah Halophila minor, Syringodium, Halodhule spp. (RPTN 2013).
Ganggang Laut (Macro Algae)
Ganggang laut atau macro algae adalah tumbuhan purba, yang tidak memiliki akar, daun dan batang sejati. Jenis makro alga yang ditemukan terdiri dari 112 spesies berasal dari 46 genera yang terdiri atas 55 spesies alga hijau, 24 spesies alga coklat, dan 33 spesies alga merah (RPTN 2013). Alga dominan yaitu: Dicoospbaefia cavernosa, Udotea occidentalis, Neomeris annulata, Halimeda cylindracea, H. opuntia, H. macroloba, H. micronesica, Laurencia obtusa dan Lithothamnion prolifer. Namun dari 9 spesies tersebut hanya 2 spesies yang ditemukan melimpah, yaitu Halimeda cylindracea dan Neomeris annulata.
Ikan
Ikan yang terdapat di kawasan TN Taka Bonerate terdiri atas dua jenis utama yaitu ikan karang dan ikan pelagis. Kawasan TN Taka Bonerate yang memiliki variasi habiat mulai dari daerah terumbu karang, daerah berpasir, berbagai lekuk dan celah, daerah algae, dan lamun hingga laut dalam menyebabkan keanekaragaman ikan pada kawasan ini sangat tinggi.
Teridentifikasi bahwa kawasan ini merupakan habitat bagi 53 famili, 160 genus dan 564 spesies ikan karang dan pelagis. Adapun ikan karang yang mendominasi dalam kawasan TN Taka Bonerate diantaranya adalah Chaetodontidae, Pomacentridae, Labridae, Scaridae, Pomachantidae, Apogonidae, Serranidae, Gobiidae, Lutjanidae, Caesionidae dan Mullidae (RPTN 2013).
Moluska
Jenis moluska yang ditemukan terdiri atas 4 klas, yaitu Gastropoda, Pelecypoda, Cephalopoda dan Scapopoda dengan 62 famili dan 299 spesies (RPTN 2013). Kelompok mollusca yang dominan terdiri atas dua klas yakni Gastropoda (keong-keongan) dan Pelecypoda (kerang-kerangan). Gastropoda dominan berasal dari famili: Cypraedae, Thaidae, Conidae, dan Cerithidae. Juga ditemukan gastropoda ukuran besar seperti Scrabang Batik (Chaeronia tritons), Kepala Kambing (Cassis cornuta), dan tedong-tedong (Lambis chiragra). Serta beberapa jenis Trochus spp, dan Conus textile yang masuk dalam redlist CITES. Jenis-jenis kerang yang ditemukan antara lain: kerang mutiara (Pinctada spp), Halionthis sp dan Kima (Tridacna spp).
Jenis Kima yang terdapat di TBR adalah lima jenis dari marga Tridacna dan dua jenis dari marga Hippopus. Ketujuh spesies tersebut adalah Tridacna gigas, T. squamosa, T. derasa, T. crosea, T. maxima, Hippopus hippopus, H. porcellanus. Juga terdapat Klas Cephalopoda seperti Nautilus (Nautilus sp), Cumi-cumi (Squid sp) dan Gurita (Octopus sp).
Penyu
Terdapat 4 jenis penyu yang ditemukan di Taka Bonerate, yaitu: Penyu Sisik Eretmochelys imbricata, Penyu Hijau Chelonia mydas, Penyu Lekang Lepidochelys olivacea, dan Penyu Tempayan Caretta caretta (RPTN 2013).
Echinodermata
Echinodermata yang ditemukan terdiri dari bintang laut (Asteroidea) 8 jenis, lili laut (Crinoidea), bulu babi (Echinoidea) 13 jenis dan teripang (Holothuroidea) 11 jenis. (RPTN 2013). Crustacea ditemukan sebanyak 15 spesies yang terdiri atas udang penaid Penaeus spp, lobster Panulirus spp, udang pasir dan kepiting (PSTK Unhas 2000).
Potensi Hayati Lainnya
Dikawasan ini juga sering terlihat mamalia laut seperti paus (Cetacea), Lumba-lumba Tursiops sp. dan duyung Dugong dugong (komunikasi personal 2012). Banyak pula terdapat jenis burung yaitu 34 spesies, terdiri dari 12 spesies burung darat, 13 spesies burung pantai dan 9 spesies burung laut (PSTK Unhas 2000).
Penyebaran geografis spesies-spesies tumbuhan yang ada pada pulau-pulau di dalam kawasan TN Taka Bonerate dapat dibedakan menjadi 3 kelompok. Kelompok pertama, adalah spesies-spesies yang ditemukan pada seluruh pulau antara lain Euphorbia pseudochamaesyce, Ipomoea pescaprae, famili Asteraceae, Scaevolla taccada, dan beberapa spesies rumput. Kelompok kedua, adalah spesies-spesies yang ditemukan pada pulau-pulau yang berada pada bagian Timur dan Selatan kawasan antara lain Pemphis acidula, famili Lythraceae, Tourneforti argentea, dan Ipomea tuba. Kelompok ketiga, adalah spesies-spesies yang pola penyebarannya tidak beraturan (PSTK Unhas 2000).
Jenis fauna lain adalah reptilia (kadal kecil, cecak, dan tokek), mamalia (tikus pemakan padi), kelompok serangga (spesies kupu-kupu dari famili Nymphalidae, nyamuk, lalat, kelabang, kalajengking dsb), Sedangkan untuk jenis hewan peliharaan antara lain ayam, bebek, angsa, entok/manila, kambing dan kucing (PSTK Unhas 2000).
Keragaman genera karang dan ikan karang yang teramat adalah 79 genera dari 19 famili karang keras. Jumlah ini diperoleh dari hasil survei ekologi terumbu karang di 46 titik pengamatan selama 22 hari di kawasan TN Taka Bonerate. Angka ini diharapkan dapat melengkapi data keragaman genera karang yang diambil pada tahun 2000 (Coremap-PSTK Unhas, 2000) sebanyak 49 genera karang keras. Sedangkan genus yang paling dominan ditemukan adalah Acropora, Porites, dan Pocillopora. (WCS, 2015).
Demikian pula dengan keragaman spesies ikan karang, di TN Taka Bonerate jumlah spesies ikan karang yang ditemui cukup tnggi dengan jumlah 522 spesies ikan karang yang berasal dari 162 genera dan 48 famili. Jumlah ini juga lebih banyak dibandingkan dengan data tahun 2000 (Coremap PSTK Unhas, 2000) yang menemukan 362 spesies ikan karang dari 36 famili dan 115 genera. Rata-rata jumlah spesies yang ditemui dalam masing-masing lokasi adalah 110.35 spesies. Spesies terbanyak berasal dari Famili Pomacentridae, Labridae, dan Chaetodontdae (WCS, 2015).
Komunitas ikan karang yang mendominasi TN Taka Bonerate adalah dari kelompok trofik planktivora (29%) dan omnivora (19%). Kelompok ikan planktvora yang paling sering dijumpai dalam kelompok besar adalah Odonus niger dari famili Balistdae yang dalam bahasa lokal disebut ikan pogo. Kelompok ikan omnivore yang paling banyak dijumpai adalah dari famili Pomacentridae atau yang biasa disebut ikan betok laut. Komposisi kelompok ikan karnivora dan pemakan benthos sebagai predator puncak dalam jejaring makanan di perairan TN Taka Bonerate mencapai 22%, sedangkan kelompok ikan herbivora sebagai agen penting dalam meningkatkan daya kelentingan ekosistem mencapai 15%. Komposisi yang hampir seimbang ini sangat mendukung keberlangsungan ekosistem terumbu karang, terutama bila diikuti oleh pengelolaan yang terpadu terhadap tekanan antropogenik, terutama dari sektor perikanan (WCS, 2015).
Spesies dilindungi yang sering dijumpai adalah penyu dan kima. Satwa penyu di perairan Pulau Latondu Kecil sering dijumpai dalam jumlah besar pada waktu tertentu (siang dan malam hari), hal ini berbanding terbalik dengan jumlah penyu yang naik ke daratan untuk bertelur. Survei habitat penyu tahun 2015 menemukan 4 sarang penyu, pada 2016 sebanyak 0 sarang dan pada tahun 2017 sebanyak 5 sarang (TN TBR, 2017).
Berdasarkan hasil interpretasi citra Aster tahun 2008, di sekitar Pulau Latondu Kecil terdapat padang lamun seluas kurang lebih 6 ha. Lamun adalah pakan bagi penyu, khususnya penyu hijau. Jenis penyu yang teridentifikasi adalah penyu sisik (Eretmochelys imbricata) dan penyu hijau (Chelonia mydas). Fauna kharismatik yang dijumpai di pulau tersebut adalah hiu punggung sirip hitam (Carcharinus melanopterus) dan paus.
Spesies dilindungi yang dijumpai di pulau Tinanja diantaranya penyu, kima, triton dan napoleon. Fauna kharismatik yang ditemukan adalah hiu, paus, lumba-lumba, kima raksasa dan triton terompet. Lokasi ini juga merupakan lokasi SPAG bagi ikan famili Serranidae.
Spesies dilindungi yang dijumpai adalah penyu, kima dan napoleon. Selain itu dijumpai juga fauna kharismatik berupa pipefishes hantu dengan nama latin Syngnathiformes solenostomus. Bentuk tubuh ikan ini menyerupai kuda laut dengan mulut menghadap ke bawah. Spesies ikan ini memakan krustasea kecil, tersedot ke dalam tubuhnya melalui moncong panjang mereka. Ikan ini hidup di perairan terbuka kecuali selama berkembang biak. Ketika menemukan terumbu karang atau daerah berlumpur, ikan ini berubah warna dan bentuk untuk meminimalkan visibilitas. Biota laut lainnya yang juga ditemukan di perairan ini berasal dari filum Echinodermata kelas bintang laut (Asteroidae), bulu babi (Echinoidea) dan timun laut (Holoturhoidea). Sebanyak 8 spesies timun laut (Holoturhoidea), 7 spesies bulu babi (Echinoidea) dan 9 spesies bintang laut (Asteroidae) ditemukan pada perairan ini. Keragaman ikan tinggi membantu dalam pengkategorian kompilasi nilai ekologis yakni kategori sedang.
Pulau Ampalassa menjadi lokasi pendaratan favorit penyu hijau (Eretmochelis imbricata) dan penyu sisik (Chelonia mydas) untuk menggali sarang dan bertelur. Pantai yang landai memudahkan penyu untuk naik kedarat. Struktur pasir remah namun tidak mudah runtuh, ketidakhadiran predator, ketidakhadiran manusia secara intens adalah faktor lain yang membuat penyu memilih untuk mendarat di pulau ini untuk bersarang. Survei tahun 2016 menemukan 8 bekas indikasi sarang penyu. Penyu merupakan fauna kharismatik yeng menajdi alasan perlindungan ekosistem terumbu karang Pulau Ampalassa. Spesies dilindungi lain yang dijumpai adalah ikan naopelon (Cheilinus undulatus).
Merupakan tempat berkumpul dan memijah ikan famili Serranidae, atau lebih dikenal sebagai ikan sunu dan ikan kerapu. Kondisi geografis bawah laut berupa dinding karang. Penutupan karang hidup sebesar 19,83% dengan 106 spesies ikan karang (WCS, 2015). Pada perairan Taka Lasamilu terdapat hamparan pasir landai yang luas yang menjadi tempat ideal bagi famili ikan Serranidae untuk melakukan ritual perkawinannya. Perairan ini merupakan habitat beberapa spesies yang dilindungi seperti penyu, kima dan ikan napoleon serta fauna kharismatik yakni hiu, paus dan lumba-lumba.
Taka Balanda terhubung dengan perairan luar yang sangat dalam sehingga nutrisi tersedia melimpah untuk mendukung keanekaragaman hayati yang hidup di dalamnya dengan substrat dasar karang. Tutupan karang mencapai 32% dari 7 famili. Perairan ini dihuni oleh spesies dilindungi seperti kima dengan kepadatan 9,5 individu/ha (WCS, 2015). Selain itu, di perairan ini juga bisa dijumpai penyu.
Pulau Pasitallu Barat merupakan pulau kecil dengan wilayah perairan di sekitarnya berupa ekosistem terumbu yang terisolasi dari gugusan atol taka bonerate. Lokasi ini menjadi daerah perlindungan karang dan ekosistem lamun. Data tahun 2015 menunjukkan bahwa, tutupan karang mencapai 17,66% (WCS, 2015). Kondisi ekosistem terumbu karang yang terisolasi ini memungkinkan adanya biota laut yang endemik, utamanya jenis moluska dan echinodermata. Gerak lambat dan home range terbatas dalam waktu lama akan mengembangkan gen unggulnya untuk survive di Pasitallu Barat. Perairan Pulau Pasitallu Barat menjadi tempat pemijahan bagi ikan, khususnya dari famili Serranidae. Data tahun 2017 menunjukkan bahwa wilayah perairan ini masih masih dijadikan sebagai lokasi pemijahan, dimana lokasi ini masih di dukung dengan kondisi perairan yang baik serta substrat dasar perairan berupa terumbu karang dan bongkahan batu karang. Di wilayah perairan ini hidup spesies kima dengan kepadatan spesies kima 613 individu/ha dan penyu yang merupakan spesies yang dilindungi.
Di ujung selatan Pulau Tarupa Kecil ditemukan tumbuh beberapa pohon mangrove (Soneratia alba) yang sudah besar. Mangrove ini oleh masyarakat tidak ditebang karena dipercaya sebagai penjaga pulau. Di sebelah barat Pulau Tarupa Kecil terdapat titik kumpul dan memijahnya ikan Famili Serranidae. Topografi bawah laut landai terhubung dengan laut dalam menjadi tempat ideal spawning agregation (SPAGs) bagi ikan sunu dan ikan kerapu. Lokasi SPAGs Serranidae tersebut menjadi lokasi favorit bagi nelayan pancing.
Taka Sirobe berada di sisi selatan Taka Lasalimu, memanjang utara ke selatan dengan persentase tutupan karang hidup di sisi Timur berada dalam kategori baik. Taka ini merupakan salah satu lokasi aktifitas penyu sisik (Eretmochelis imbricata) dan penyu hijau (Chelonia mydas) untuk mencari pakan pada habitat lamun. Terumbu sisi timur berbatasan dengan laut dalam sehingga menjadi pelintasan ikan berukuran besar seperti lumba-lumba, paus dan ikan ekonomis lainnya.
Dibagian sebelah Timur Taka Latondu saat terjadi pasang surut atau pasang naik akan mengakibatkan kecepatan arus semakin tinggi, oleh karenanya lokasi ini menjadi titik kumpul pari manta dalam mencari makan. Di pulau ini masih ditemukan pencil urchin (Heterocentrotus mamillatus) dari famili Echinodermata yakni sejenis bulu babi tetapi durinya sebesar/seukuran pensil.
